Protéomique : Trouver les principales composantes des maladies
L'Université McGill, le Centre universitaire de santé McGill et l'HUPO concoctent la recette gagnante
En général, celui qui possède la meilleure recette de chili
possède également un ingrédient secret difficile à identifier. De
même, plusieurs maladies comportent des protéines essentielles qui
transforment des cellules bénignes en affection mortelle. De
nouvelles découvertes issues d'une collaboration internationale
entre l'Université McGill, l'Institut de recherche du Centre
universitaire de santé McGill (CUSM) et la HUman Proteome
Organisation (HUPO) ont permis de faciliter l'identification de ces
modifications. Publiées dans Nature Methods, ces découvertes
illustrent la façon d'améliorer l'analyse des protéines afin
d'isoler les molécules qui pourraient être à l'origine de
maladies.
" La protéomique est une discipline qui permet d'isoler certaines
protéines des centaines d'autres que l'on peut trouver dans un
échantillon de diagnostic, déclare le Dr Tommy Nilsson, coauteur de
cette étude, qui a récemment été recruté par le CUSM. Il est
important d'associer les bonnes protéines à la bonne affection. Ce
processus est extrêmement complexe. Notre étude visait Ã
standardiser les techniques d'analyse au niveau mondial et à en
identifier les facteurs limitants ".
La mise à l'essai
Il a été demandé à 27 laboratoires dans le monde d'analyser un
échantillon standard de protéines en utilisant leurs techniques
habituelles. Seuls sept d'entre eux ont réussi à isoler toutes les
protéines de façon précise; mais seulement l'un d'entre eux a
réussi la partie la plus difficile du test. Toutefois, un examen
approfondi de leurs données brutes a démontré que ces derniers
avaient, tout d'abord, détecté toutes les protéines mais que
celles-ci avaient ensuite été rejetées lors d'analyses effectuées
par la suite.
Notre analyse centralisée nous a permis de mettre en lumière les
problèmes que l'on rencontre en menant ce type d'étude, déclare le
Dr John Bergeron, auteur principal à l'Université McGill et Ã
l'HUPO. Nous nous sommes rendus compte que l'une des principales
causes d'erreurs dans les rapports provenaient des bases de
données. Nous espérons améliorer la qualité des rapports en
améliorant celle des bases de données et des moteurs de recherche
".
L'importance de la protéomique
La protéomique vise à caractériser toutes les protéines encodées Ã
partir de l'ADN humain, tout comme l'ont été les gènes dans le
cadre du Projet Génome Humain. On espère que la protéomique
permettra d'identifier plus rapidement les causes de nombreuses
maladies humaines et que ses techniques déboucheront sur de
meilleurs diagnostics et thérapies.
" La nouvelle technologie décrite dans notre étude permettra
probablement aux médecins de déterminer la cause des maladies ",
ajoute le Dr Bergeron.
Financement
Cette étude a été financée grâce à des bourses de l'Institut de
recherche en santé du Canada, de Génome Québec et de l'Université
McGill.
Dr Tommy Nilsson
Le Dr Tommy Nilsson est le directeur du Département " Proteomics
and Systems Medicine " de l'Institut de recherche du CUSM.
Dr John Bergeron
Dr John Bergeron est titulaire de la chaire du département
d'anatomie et de biologie cellulaire et membre de l'HUPO.
Partenaires
L’étude de l’HUPO visant l’analyse d’échantillons a mis en lumière les problèmes communément rencontrés dans le domaine de la protéomique basée sur la spectrométrie de masse. Elle a été écrite conjointement par Alexander Bell (université McGill), Eric Deutsch (Institute for Systems Biology, Seattle), Catherine Au (Université McGill), Robert Kearney (McGill University), Ron Beavis (UBC, Vancouver), Salvatore Sechi (NIDDK (NIH)),Ìý Tommy Nilsson (Institut de recherche, CUSM), John Bergeron (Université McGill) et le groupe d’analyse des échantillons de l’HUPO.
Vous pouvez consulter le communiqué de presse publié par l'HUPO Ã
ce sujet en cliquant ici.
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McGill (IR CUSM) est un centre de recherche de réputation
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de 600 chercheurs, près de 1 200 étudiants diplômés et
postdoctoraux et plus de 300 laboratoires de recherche consacrés Ã
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